善導寺は、度々兵火の難に遭って焼失しています。現在の本堂は天明６(1786)年、第48世三誉愍海上人の時代の建築。間口17.5間、奥行17間、963�u、入母屋造、本瓦葺、棟梁は豊後臼杵の山崎英十郎と伝えられています。

屋根の上には大きな葵紋５個が並んでいます。石高500石であった標。慶讃法要には、勅使がお出になる予定のもとに建築されたといわれ、その為、御拝口の柱が４本並立しています。中央を勅使、左側を左大臣、右側を右大臣が三者並進して昇殿するように配慮されたもので、非常に珍しい様式となっています。

平成１６年度〜１７年度にかけて、修復工事がなされた。主に、建具（雨戸・障子）、縁板、縁下、壁など。